История алтаря православного храма восходит к тем ранним временам христианства, когда в катакомбных храмах под землей и в наземных базиликах в передней части, отгороженной низкой решеткой или колоннами от остального пространства, ставилась, как святыня, с останками святого мученика. На этой каменной гробнице в катакомбах совершалось таинство Евхаристии - претворение хлеба и вина в Тело и Кровь Христовы.
     В останках святых мучеников с древнейших времен виделось основание Церкви, ее краеугольный камень. Гробница мученика за Христа символизировала гроб Самого Спасителя: мученики потому и умирали за Христа, что знали о том, что они воскреснут в Нем и с Ним. "Яко Живоносец, яко Рая краснейший, воистину и чертога всякого царского показася светлейший, Христе, Гроб Твой, источник нашего воскресения." В этой молитве по перенесении предложенных Святых Даров на престол выражено символическое значение святого престола, как Гроба Господня.
     В наше время в антиминсе на престоле непременно присутствуют мощи святых. Вещественные останки небожителей, таким образом, устанавливают прямую и непосредственную связь престола и алтаря земной Церкви с Церковью Небесной, с Царством Божиим. Здесь земное неразрывно и теснейшим образом сопряжено с небесным: под небесным жертвенником, соответствующим Нашему престолу, святой Иоанн Богослов видел души "убиенных а слово Божие и за свидетельство, которое они имели" (Откр. 6:9). Наконец, Бескровная Жертва, приносимая на престоле, а также то, что на нем, как правило, в дарохранительнице постоянно хранятся Тело и Кровь Спасителя в виде запасных Даров, делает алтарь величайшей святыней.
     Естественно, что со временем алтарь со святым престолом стал все более отгораживаться от остальной части храма. В катакомбных храмах (I-V вв. по Р.X.) уже существовали солея и алтарные преграды в виде низких решеток. Затем возник иконостас с царскими и боковыми дверями.
     Такое отделение соответствует догматическому понятию о Боге, как совершенно отличном от Своего творения Вездесущем Духе, Который лишь по временам открывается людям в тех или иных Своих действиях и Которого являет нам Господь Иисус Христос - "Единородный Сын, сущий в недре Отчем" (Ин. 1:18).
     Слово "алтарь" происходит от латинского alta ara, что означает возвышенное место, возвышение. По-гречески алтарь в древности назывался "бима," что означало возвышенный жертвенник, возвышение, с которого ораторы произносили речи, судилище, с которого цари возвещали народу свои повеления, творили суд, раздавали награды. Эти названия в общем соответствуют духовному назначению алтаря в православном храме. Но они также свидетельствуют, что уже в глубокой древности алтари христианских храмов устраивались на некотором возвышении по отношению к остальной части храма. Это, как правило, соблюдается и до наших дней.
     Если алтарь в целом означает область бытия Божия, то вещественным знамением Самого невещественного Бога является престол, где Бог действительно особым образом присутствует в Святых Дарах и мощах Своих святых угодников.
     Первоначально алтарь состоял из престола, который помещался в центре алтарного пространства, кафедры (седалища) епископа и скамей для духовенства (Горнее место), располагавшихся против престола у стены в полукружии алтарной абсиды. Предложение (нынешний жертвенник) и сосудохранилище (ризница) были в отдельных помещениях (приделах) справа и слева от алтаря. Затем предложение стало помещаться для удобства богослужения в самом алтаре, в его северо-восточном углу, слева от Горнего места, если смотреть со стороны престола. Вероятно, в связи с этим изменились несколько и названия святых мест алтаря. Престол в древности всегда назывался жертвенником или трапезой. Так называли его святые отцы и учители Церкви. И в наших Служебниках престол именуется и трапезой, и жертвенником.
     В древности престолом называлось архиерейское седалище на Горнем месте, что вполне соответствует земному значению этого слова: престол-это царское или княжеское возвышенное седалище, трон. С перенесением предложения, на котором совершается приготовление хлеба и вина для таинства Евхаристии, в алтарь оно стало называться в устной традиции жертвенником, а престол стал именоваться Горним местом; собственно жертвенник (трапеза) получил название престол. При этом имеется в виду, что эта таинственная духовная трапеза является как бы троном (престолом) Небесного Царя. Тем не менее в Уставе и богослужебных книгах по-прежнему жертвенник называется предложением, а престол носит также название трапезы, так как на нем возлежат и с него преподаются духовенству и верующим Тело и Кровь Христовы. И все же прочная традиция чаще всего трапезу именует святым престолом Божиим.
     В наши дни в соответствии с древнейшими традициями в восточной стене алтаря с внешней стороны храма устраивается полукружие - абсида. Посредине алтаря помещается святой престол.
     Вплотную к середине абсиды алтаря против престола сооружается возвышение. В кафедральных архиерейских соборах и во, многих приходских храмах на этом месте стоит кресло для епископа, как знамение престола (трона), на котором невидима восседает Вседержитель. В приходских храмах в полукружии абсиды возвышения и кресла может и не быть, но в любом случае это место является знамением того Небесного Престола, на котором незримо присутствует Господь, и называется поэтому Горнее место. В больших храмах и кафедральных соборах соответственно алтарной абсиде вокруг Горнего места полукружием расположены скамьи для духовенства, сослужащего епископу. Горнему месту обязательно кадят во время богослужений; проходя, кланяются, осеняя себя крестным знамением; на Горнем месте непременно возжигается свеча или лампада. Прямо перед Горним местом позади престола помещается обычно семисвечник, который в древности был подсвечником для семи свечей, а ныне чаще всего является разветвленным на семь ветвей от одного высокого столпа светильником, в котором находятся семь лампад, возжигаемых при богослужении. Это соответствует Откровению Иоанна Богослова, видевшего на этом месте семь золотых светильников. Справа от Горнего места и слева от престола расположен жертвенник, на котором совершается проскомидия. Около него обычно стоит стол для поданных верующими просфор и записок с именами людей о здравии и о упокоении. Справа от престола, чаще всего в отдельном помещении, располагается сосудохранилище и ризница, где хранятся в не богослужебное время священные сосуды, облачение духовенства. Иногда ризница может находиться в отдельном от алтаря помещении. Но в таком случае справа от престола всегда имеется стол, на который полагаются ризы священнослужителей, приготовленные для богослужения. По сторонам семисвечника, с северной и южной сторон престола, принято поставлять на древках выносную икону Божией Матери (с северной стороны) и Крест с образом Распятия Христова (с южной). Справа или слева от престола помещается умывальник для омовения рук священнослужителей перед литургией и омовения уст после нее и место, где возжигается кадило. Перед престолом, справа от царских врат у южных дверей алтаря, принято ставить кресло для епископа. Алтарь по причине совершаемого в нем таинства евхаристии как бы повторяет собою ту прибранную, устланную, готовую горницу, где состоялась Тайная вечеря, постольку и в наши дни он содержится в особенной чистоте, устилается коврами, по возможности всячески благоукрашается.
     В православном Типиконе и Служебнике алтарь называется святилищем. Это, как полагают, происходит оттого, что древние учители Церкви часто именовали алтарь ветхозаветным названием Святая Святых. Действительно, Святая Святых Моисеевой скинии и Соломонова храма, как хранившие в себе ковчег Завета и другие великие святыни, духовно прообразуют собою христианский алтарь, где происходит величайшее таинство Завета Нового - Евхаристия, хранятся в дарохранительнице Тело и Кровь Христовы. Трехчастное деление православного храма также соответствует делению скинии и храма Иерусалимского. Напоминание об этом содержится у апостола Павла в Послании к евреям (9:1-12). Но апостол Павел лишь в кратких словах говорит об устройстве скинии, замечая, что об этом не нужно теперь говорить подробно, и поясняет, что скиния есть образ настоящего времени, когда "Христос, Первосвященник будущих благ, придя с большею и совершеннейшею скиниею, нерукотворенною, то есть не такового устроения, и не с кровью козлов и тельцов, но со своею Кровью, однажды вошел во святилище и приобрел вечное искупление." Таким образом, то, что в Святая Святых ветхозаветного храма первосвященник иудейский входил только один раз в год, прообразовало собою единократность Искупительного Подвига Христа Спасителя. Апостол Павел подчеркивает, что новая скиния - Сам Господь Иисус Христос - не так устроена, как древняя.
     Новый Завет, следовательно, не должен был повторять устройства ветхозаветной скинии. Поэтому в трехчастном делении православного храма и в названии алтаря Святая Святых не следует видеть простого подражания Моисеевой скинии и Соломонову храму.
     И по своему внешнему устройству, и по богослужебному пользованию православный храм настолько глубоко отличается от них, что можно говорить лишь о том, что в христианстве использован только самый принцип деления храма на три части, что имеет свое основание в новозаветной православной догматике. Употребление учителями Церкви понятия "Святая Святых" в применении к православному алтарю сближает его с ветхозаветным святилищем не по подобию устройства, а имея в виду особую святость этого места.
     Действительно, святость этого места настолько велика, что в древности вход в алтарь был строго запрещен кому-либо из мирян, как женщинам, так и мужчинам. Исключение делалось иногда только для диаконис, а впоследствии для инокинь в женских монастырях, где они могли входить в алтарь для уборки и возжигания светильников. Впоследствии с особого архиерейского или иерейского благословения в алтарь было дозволено входить иподиаконам, чтецам, а также алтарникам из благоговейных мужей или инокинь, в обязанности которых входит уборка алтаря, возжигание светильников, приготовление кадила и т.п. На Руси в древности в алтаре не принято было держать иконы с изображением каких-либо святых жен, кроме Богородицы, а также иконы, на которых имелись изображения людей, не причисленных к лику святых (например, воинов, стерегущих Христа или мучивших святых страдальцев за веру и т.п.).