В XI веке обитель уже существовала как специально построенная усыпальница крупного феодального рода Орбели, владевшего обширными территориями в Квемо Картли: представители этой фамилии занимали тогда в государстве наиболее почетные должности. Предположительно бетанский храм был построен в конце XII - в первые годы XIII века, в царствование святой благоверной царицы Тамары, на месте другого - более древнего, меньшего по размерам, кирпичного, относящегося к X или XI веку и, вероятно, в свое время весьма почитавшегося. К этой ранней церкви, включенной в новую постройку, как предполагают исследователи древней архитектуры, принадлежала вся современная алтарная часть, а возможно, что и часть фресок алтаря, и сложенный из кирпича западный притвор, под которым находится склеп (в 1986 году) в этом притворе устроена церковь во имя св. царицы Тамары).
     Время царствования св. Тамары принято называть золотым веком грузинской истории. Царица отличалась высоким благочестием и, продолжая начинания своего прадеда, св. благоверного царя Давида IV Строителя, способствовала широкому распространению веры Христовой во всей Грузии, строительству храмов и монастырей. Она оставила по себе прекрасную память в народе, который во многих сказаниях прославил ее кротость, мудрость, религиозность и красоту. Она созвала церковный Собор, который устранил неурядицы, сместил недостойных иерархов; заботилась о бедном народе, о вдовах, сиротах, содействовала духовному развитию Грузии. В последние годы жизни царица часто проживала в пещерном монастыре Вардзия, где имела келию, сообщавшуюся с храмом, из которого она всегда могла возносить молитвы к Богу во время богослужений. Скончалась мирно 17 января 1213 г. и причислена к лику Святых. Говорят, что в Бетанию царица часто приезжала летом на отдых, для уединения и молитвы. На северной стене храма сохранилось весьма значительных размеров изображение царских лиц: первым здесь представлен "Царь царей", великий Георг III. За ним - его дочь "Царица цариц", Тамара. Далее следует изображение юного царевича, сына Тамары - Лаши-Георгия, при венце и сабле, т.е. уже коронованного (коронация совершилась в 1207 году - исходя из настоящей детали и портрет датируют тем же временем). Эта древняя фреска была несколько раз переписана в позднее время, но реставраторам удалось с помощью фотосъемки ультрафиолетовым и рентгеновским способом воспроизвести на фотографии лик Царицы таким, каким он был изображен вначале. Под красивым, восточного типа лицом сокрыт созданный древним мастером образ удивительной глубины и силы. Просматриваются вполне портретные черты лица Царицы необыкновенной красоты: большие миндалевидные глаза (видимо, фамильная особенность), "стрелообразные" брови, прямой нос, мягкий овал подбородка. На южной стене храма имеется другой, тоже внушительных размеров, портрет ктитора в монашеской одежде с моделью храма в руках: надпись над ним гласит: "Диди сумбат мандатуртухуцеси да амирспасалари" - "Великий Сумбат, мандатуртухуцеси и амирспасалар"; рядом другая фигура с молитвенно воздетыми руками. Это - известные деятели из феодального рода Орбели при Георгии III и царице Тамаре: один из главных вазиров царя - Сумбат Орбели и сын его Липарит, который носил тогда титул Эристава Картли. Но вот любопытная деталь: надпись над портретом перечисляет светские титулы и обязанности великого феодала, в то время как он изображен в монашеской рясе. Видимо, вначале Великий Сумбат был изображен в светском одеянии, но затем, после его пострига в монашество, одежды были переписаны (это подтверждается при внимательном изучении фрески). Значит, первоначально портрет был написан до 1177-1179 годов, когда он принял постриг. Сумбат и Липарит принимали участие в заговоре против Георга III, возглавляемом военным министром Иоанном Орбели, желавшим свергнуть царя и возвести на престол его племянника - царевича Демна. Заговор был подавлен, царевич Демна ослеплен и оскоплен, после чего вскоре скончался, Иоанна Орбели также ослепили, еще несколько членов рода Орбели были казнены. Липарит, активный член заговора, бежал в Иран. Его отец, Сумбат, был смещен и пострижен в монахи (с именем Симеона) в своей родовой усыпальнице - в Бетании, где и окончил свои дни. Говорят, последние годы жизни бывший вельможа, а теперь - смиренный монах Симеон, подвизался в затворе в склепе усыпальницы. В каменном полу этого помещения находились могилы его предков, а под - полом очень темный, тесный, низкий и сырой подвал с кирпичными сводами: здесь и провел в глубоком покаянии и молитвах последние свои годы, здесь и окончил жизнь вазир Царя царей.

	Таким был найден бетанский храм в середине-конце прошлого столетия

     Много, много говорят о тех славных и драматических временах сильно поврежденные, но все еще живые фрески, резные камни, стройная архитектура храма. Видно, что когда-то он был украшен необыкновенно богато и, наверное, славился изяществом и красотой убранства. По многим шрамам на стенах, не раз латанных, видно, что монастырь не раз оказывался на грани полного забвения и исчезновения. Долгое время он был совершенно заброшен: провалились почти все своды, купол, все заросло кустарником, деревья росли даже на крыше храма, роспись была значительно повреждена. Только в середине XIX века стало известно об этой "забытой" святыне - после того, как художник Г. Гагарин, найдя храм, расчистил каменный завал и обнаружил портрет царицы Тамары. Сохранилась фотография тех лет - вид храма, каким он был найден тогда. По ней видно, что к тому времени обитель уже кто-то восстанавливал своими силами, закладывал провалы стен кирпичом и другими подручными материалами, которые нашел здесь же, но после этого вновь наступил период забвения и опустошения. Кто бы мог тогда, видя эти жалкие развалины, думать, что обитель возродится уже в ХХ веке, в самые, кажется, апокалиптические времена, что здесь опять будет журчать, как ручеек, монашеская жизнь, опять будут раздаваться под сводами храма древние грузинские церковные напевы, в его Святилище вновь будет воздевать руки горе игумен, и иеродиакон произносить перед Царскими вратами прошение за всех строителей и ктиторов обители, за всех почивших ее отец и братий.
     Монахи пришли сюда вновь в самом конце XIX века и стали восстанавливать разрушенное. Не хватало средств, ставили на дороге ящик для денег с надписью - "помогите монастырю", - и так все отстроили, покрыли крышу, покрасили, снабдили всем необходимым, и обитель стала возрождаться. Когда строили жилье, в земле недалеко от ворот обнаружили большое захоронение, общую могилу. Множество костей и черепов лежало вместе, в одной яме, большая часть их была совершенно чиста и бела, что, видимо, свидетельствует о святости жизни людей, которым они принадлежали. Кто были они? - Братия обители, убитые при нашествии каких-нибудь варваров? - Святые мученики, посеченные за веру? Мы не знаем этого, но уверены, что не простая судьба, не житейская случайность собрала эти останки в одну общую могилу во дворе древней обители. Теперь эти мощи лежат в том самом склепе, где когда-то жил, или, вернее, - готовился к вечной жизни бывший вельможа. Как раз над ними находится Святой Престол во имя св. благоверной царицы Тамары. Возможно, где-то рядом лежит прах некогда непокорного царице слуги, затем смиренного инока Симеона. Теперь они, конечно, примирены: их общая любовь ко Христу уничтожила все земные раздоры и распри.
     Вот, собственно, и вся известная нам история обители. Рассказывают еще одно предание о том, почему храм был построен именно здесь, на этом подножии горы. Говорят, первоначально ктиторы собирались строить монастырь в ином месте, по другую сторону пещеры Самадло, на плоской вершине высокой горы. То место, действительно, очень красиво: оно, как гигантский трамплин, нависающий над глубокой и широкой чашей гор, с него открывается прекрасный вид на окрестности; и сам храм, если бы его там построили, царствовал бы над всем окружающим пространством, замечательно просматриваясь со всех сторон. Но не так судил Промысел Божий! Согласно преданию, строители уже начали свозить на эту вершину камни, но поутру в недоумении обнаружили, что строительные материалы исчезли, стали искать и, к великому удивлению своему, обнаружили их глубоко внизу, на дне ущелья, сложенными на небольшой поляне на уступе горы. Воздав славу Богу, они решили построить монастырь на новом, чудесным образом указанном месте. Может быть, промысел Божий определил это место для святой обители, имея ввиду и то обстоятельство, что скромное положение монастыря, сокрытого в глуши глубокого ущелья, делает его таким удобным для ищущих спасение именно в наши дни, когда монахам столь необходимо скрываться как можно дальше от суеты и соблазнов обуреваемого страстями мира.