Преподобный Никодим родился в 1749 году на острове Наксос. Читать и писать научился у священника своей приходской церкви. Получил образование в школе на родном острове, где тогда преподавал известный своими добродетелями и мудростью архимандрит Хрисанф Эксо-хорит, брат великого святого равноапостольного и мученика Косьмы Этолийского. После завершения учебы в Смирне в 1770 г. преподобный вернулся на родину, где получил работу секретаря митрополии.

В зги годы он познакомился и на всю жизнь подружился с Коринфским епископом Макарием Нотарасом. По совету и при содействии Макария Никодим предпринял все свои важнейшие труды по изданию святоотеческих творений.

Знакомство с одним исихастом, старцем Сильвестром, зажгло в душе Никодима любовь к монашеской жизни, и в 1775 г. он отправился на Афон. Там, в монастыре Дионисиат, он принял монашеский постриг. Через два года его посетил Макарий и побудил приступить к собиранию, изучению и изданию рукописей с сочинениями Святых Отцов.

Общее количество изданных и неизданных трудов преподобного достигает 112 томов. В числе творений самого преподобного можно выделить многотомное толкование Священного Писания, толкование на Книгу Правил (с которыми и была им издана греческая "Кормчая". Это издание с толкованиями Никодима по сей день является главным каноническим источником всех православных греков), многочисленные аскетические сочинения, агиографические (Жития Святых, подобные нашим св. Димитрия Ростовского), гимнографические (им, в частности, была написана служба преподобному Симеону Новому Богослову) и др. Великим памятником Никодиму и Макарию навсегда останутся подготовленные и изданные ими "Добротолюбие" и "Евергетинос". Никодим подготовил к печати и остававшиеся тогда еще не опубликованными сочинения преп. Симеона Нового Богослова и свт. Григория Паламы, но отправленные им в типографию рукописи с творениями святителя были утеряны.

Когда на Афоне стала известна личность и деятельность преп. Паисия Величковского, преп. Никодим отправился к нему в Молдавию, желая стать учеником русского старца, однако буря прибила корабль, на котором путешествовал святой отец, к одному из греческих островов. Вернувшись на Афон, Никодим более уже не покидал его. Он поселился со своим духовником, старцем Арсением, в скиту монастыря Пантократор, где и преставился ко Господу 14 июля 1809 года.

Православные греки почитают преподобного Никодима как своего великого духовного просветителя и учителя. И действительно, он является самой крупной фигурой в истории духовного просвещения Греции в послевизантийскую эпоху.

В 1955 г преподобный Никодим Святогорец был прославлен в лике святых.