Отделившись от РПЦ, сектанты, в силу общего исторического закона, не остановились на этом, а, в свою очередь, стали делиться между собой и распались на множество сект, а секты -на частные толки. Все наши секты обыкновенно делятся на рационалистические (рацио-/лат./ - разум) и мистические. Те секты, которые единственным источником вероучения признают Св.Писание, но в то же время в толковании его допускают полную свободу, произвол и греховное насилие, руководствуясь исключительно личным пониманием, и ставят человеческий разум (рацио) в деле веры выше авторитета Церкви, не придают должного значения церковной внешности и тайнодействиям, отвергают иерархию; почитание св. икон, мощей, крестное знамение, посты и т.д. называются рационалистическими.

Те же секты, которые признают начало внутреннего озарения и откровения, верят в непосредственное, таинственное единение человека с Богом, через воплощение в нем Божества, -допуская полное их отождествление, и в учении о нравственности держатся дуалистических воззрении, называются мистическими, а по своей скрытности - тайными.

К последним относятся: хлыстовщина, скопчество, киселевщина и др., а к первым - баптизм, духоборство, молоканство, иеговизм, пашковщина, адвентизм, толстовщина и др. Но деление это нельзя назвать вполне точным, потоку что большая часть так называемых рационалистических сект заключает в себе очень много элементов мистических и наоборот - в мистических сектах есть элементы рационализма, причем в некоторых сектах те и другие крайне смешаны. Ввиду этого, если и можно оставить такое деление, то лишь потому, что в одних сектах преобладают мистические элементы, а в других - рационалистические.